而且，由于節能服務公司的收益來自節能效益分享，并不能一次性收回投入，而是要在項目投運后產生效益的若干年內分次回收，因此還存在提前納稅的問題。由于稅務部門把節能服務公司的服務看做是簡單的設備銷售，因此把節能效益分享看成了設備銷售的分期付款。我國的稅收制度采用的是權責發生制，在節能服務公司把節能設備安裝到客戶后就被認定為設備銷售已經實現，這樣，在節能服務公司為客戶實施節能項目后還只剛開始分享節能效益（剛開始回收投資）時，就被認定應立即按合同全額上繳企業所得稅。
本來節能服務公司為客戶出資做項目已承擔了風險，還要將其在節能項目中賺取的服務費按照遠高于服務業稅率（６％）的增值稅率（１７％）去交納增值稅，并且要為尚未得到的收入提前支付所得稅，可以說是雪上加霜。
二是節能服務公司融資難。
采用合同能源管理方式運作的節能改造項目，都需要節能服務公司墊付資金，而如果項目很多，墊付的資金量就會很大，節能服務公司就會承受不了，需要進行融資。但是，目前我國的節能服務公司很難通過銀行等金融機構為合同能源管理項目融資，其原因主要是：我國的節能服務公司多數屬于中小企業，剛剛成立的節能服務公司在金融系統尚未建立起信譽；不像一般的建設項目，節能項目都附屬在主流程中，沒有獨立性，不能形成抵押物；銀行等金融機構的信貸評估部門尚不熟悉節能服務公司的業務；由于節能服務公司的業務特點，其大量的投資所形成的資產（設備和合同應收款）存在于其他企業（待分享效益后才能實現），銀行等金融機構往往不承認這種資產的實在性，也不認可這種資產作為信譽抵押。由于存在上述問題，國外盛行的以提供綜合性節能服務為優勢的節能服務公司，在中國生存困難，發展緩慢。
破解難題 建立節能服務產業大軍
河北省政協多位專家認為，當前引進、推廣合同能源管理意義重大。通過專業化的節能服務公司以合同能源管理方式為客戶實施節能項目，可以克服目前眾多企業在實施節能項目時所遇到的障礙（諸如項目融資困難，節能新技術的信息障礙，項目技術風險、經濟風險和管理風險等），加速實施目前廣泛存在于企業中具有良好節能效益和經濟效益的項目。更重要的是，基于市場運作的節能服務公司受利益最大化驅使，會千方百計尋找客戶實施節能項目，努力開發節能新技術和節能投資市場，從而使自身不斷發展壯大，為我國形成一個基于市場的節能服務產業大軍。一些省市已經嘗試推廣合同能源管理模式，對推動節能環保事業，起到了積極的作用。
因此，我國各級政府應當破解難題，建立節能服務產業大軍，努力完成節能減排目標和任務：
改革稅收制度。讓節能服務公司像國外的節能服務公司那樣交納稅率水平低很多的服務費稅種，也可以像對高新技術企業那樣，先在一定的區域內進行示范，再逐步推廣。在示范之前，一定要設立由省市政府建立的節能服務認定機構，對企業是否為節能服務公司進行嚴格的認證（認證的重要標準為：是否在合同中規定以節能效益分享來支付公司的服務費用），防止某些企業渾水摸魚，借口節能服務偷稅漏稅。
設立專業化的節能項目擔保基金和相應的運作機構。建立、完善以擔保基金啟動銀行貸款的節能融資中介機制。
政府建立節能服務平臺。目前，國內企業節能的積極性很高，節能的需求旺盛，但面對還不規范的節能市場，面對紛雜混亂的節能信息，企業無從下手。這就需要構建節能服務平臺體系，不僅提供優秀的節能技術和節能設備信息，更重要的是組織一批節能專家為企業進行全面的節能診斷。
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深入專題了解：合同能源管理的優勢和難局
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